Hasst du all deine Geräte mit denen du auf die E-mails greifst auf IMAP4 eingestellt? Oder ist noch ein gerät auf das alte POP3 Konfiguriert? Bitte überprüfen. Fals noch was auf POP3 eingestellt ist so entfernt dieses gerät in der Standartkonfiguration die abgerufenen mails vom Server.
Ausserdem kannst du (Konnte man früher) jeden Ordner in der weboberfläche einzeln konfigurieren ob er die Mails für immer behält oder ob sie gelöscht werden. Lege doch Unterordner an und sortiere die Mails mit Regeln in die Passenden Ordner so bleibt der eigendliche Posteingang leer.